ตามประกาศมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย เรื่องภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของส่วนงานในมหาวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๕๗ ลงวันที่ ๒๙ เมษายน พ.ศ. ๒๕๕๗ ได้กำหนดโครงสร้างการบริหารและกลุ่มงานของ สำนักงานตรวจสอบภายใน ดังนี้
สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย